Por ejemplo, el tipo de datos int, en Java, es un tipo de dato de los llamados primitivos (más o menos como c++), con lo cuál puedes utilizar los operadores lógicos y aritméticos de la forma habitual. En tu caso puedes utilizar el operador == de la manera normal. Sin embargo, Integer, no es un tipo de dato primitivo. Es una clase!!. Entoces cuando tú tienes un objeto del tipo Integer NO estás manejando su valor, sino un puntero a tu objeto Integer. Porque en Java todo son punteros (menos los tipos de datos primitivos). Así que cuando utilizas el operador == no estás comparando el valor de los integer, sino los punteros (las direcciones que apuntan al objeto). De modo que para objetos estás obligado a utilizar el método equals().
Sun Certified Java Programmer